Um ano se passou desde a vinda do Duo e da energia maligna. MegaMan estava tirando férias com a sua família até que Dr. Light recebe a noticia em que o museu dos robôs estava sendo invadido por um robô dourado. Dr. Light envia o MegaMan para interceptar esse tal robô. Bass estava em um local desconhecido reclamando e se perguntando o por que de MegaMan ser melhor que ele. Até que uma noticia sobre um robô dourado surge. Ele estava fazendo o caos no museu de robôs. Bass não perde tempo e vai enfrentar este adversário com o objetivo de provar o quão forte ele é. MegaMan e Bass chegam juntos no museu, mas em locais diferentes. Eles avançam procurando este tal robô dourado. Após passarem por certos desafios, ambos chegam em uma sala enorme e notam o ProtoMan conversando com este robô desconhecido. - Você foi longe demais King - ProtoMan disse com o Buster levantado para o Robô dourado - Não irei permitir que você destrua este museu. - Eu já baixei todos os dado...