Depois da derrota de Willy há alguns anos atrás, a vida das pessoas começaram a voltar tudo ao normal. MegaMan ajudava no laboratório e quando alguém precisava dele, ligavam para o Dr. Light. ProtoMan estava resolvendo os seus problemas em algum lugar do mundo, o cantarolar dos pássaros. Tudo estava bem tranquilo. Na casa de Dr. Willy: Willy estava tendo pesadelos com o seu passado novamente. -Ai Ai Ai , péssimas memórias criam os piores sonhos, um gênio de meu calibre precisa dormir para manter seu cérebro em funcionamento. Espera aí.... A pesquisa da minha juventude Sim.... Agora eu vou te mostrar Light. Huahuahauahaua. E assim surge mais um plano diabólico. Enquanto isso no laborátorio de Dr. Light, muitos trabalhadores robóticos apareceram para seu check up de manutenção anual. - Todos os sistemas normais, você está em ótima forma BlockMan - Diz Dr. Light - Tudo graças a você doutor, você me deixou novinho em folha. Bom, eu posso ouvir um campo de constr...